Hundtypen bichon har funnits i länderna kring nordvästra Medelhavet åtminstone sedan medeltiden och kan ses i många gamla oljemålningar. Denna gamla sorts bichon blev så småningom stamfader för dagens moderna bichon havanais, bichon frisé och bolognese.
Troligen skeppades bichon-hundar till Kuba från Tenerrifa, eftersom denna spanskkontrollerade ö utanför Nordafrikas västra fastland var en mycket viktig hamn för Spaniens och Italiens handel med Kuba.
På Kuba blev bichoner populära hos överklassen och så småningom uppstod Kubas egen variant av bichon – Bichon havanais. Havanna är namnet på Kubas huvudstad, och Bichon havanais är släkt med en annan hund som uppkom i samma stad: Blanquito de la Havana.
På Kuba levde Bichon havanais hundarna ofta på stora sockerplantager, där de huvudsakligen var sällskapshundar och statussymboler, men även användes för att driva nötboskap och höns. Än idag har Bichon havanais en herdeinstinkt som många nyblivna ägare förvånas av när deras lilla hund kommer i kontakt med djur (eller barn!) som den tycker ska vallas.
Så småningom började Bichon havanais exporteras till andra delar av världen, bland annat till Europa där rasen blev en favorit hos celebriteter som drottning Victoria och författaren Charles Dickens.
I samband med den kubanska revolutionen på 1950-talet lämnade många familjer ur de övre samhällsskikten Kuba och flyttade till USA och flera tog Bichon havanais med sig. I det samhäller som etablerades på Kuba efter revolutionen bedrevs inte något ordnat avelsarbete för de bichon havanais som fanns kvar, bland annat eftersom rasen hade så starka kopplingar till överklassen.
På 1970-talet skapades ett avelsprogram för att försöka rädda rasen i USA med hjälp av de få individer som fanns att tillgå, och enligt utsago kände programmets förkämpar bara till elva stycken bichon havanais i hela USA. På grund av handelsembargon och sociala förändringar på Kuba härstammar alla registrerade Bichon havanais i USA från detta avelsprogram.
Till Sverige kom rasen år 1988.